提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
中新社70年丨“国家体育馆”五个大字出自他手! ******
“一般人知道钱钟书先生,多是因了他的长篇小说改编的同名电视连续剧《围城》。其实他更是一位大学者,甚至有人称其为‘文化昆仑’。钱钟书先生与夫人杨绛先生光捐给国家的稿费就有上千万之多。有人问他为什么如此做,他幽默地说:‘我姓了一辈子钱,还要钱干什么!’”
这是中国新闻社退休干部、高级编辑冯大彪旧作《邓国治暗访钱钟书》的开篇文字。2022年6月5日,写下这段生动文字的新闻人因病驾鹤西去,享年84岁。
“文武双全”的新闻奇人
冯大彪可谓一位新闻奇人。
“奇”在有二。
其一:跨越廿载的长情
他在担任中新社专稿部海外报纸副刊专栏主编期间,在香港报章精心编辑“京华感旧录”专栏稿件。该专栏也引起台湾报章关注并逐日转载,一直延续至2001年12月他正式离开工作岗位,长达廿余载,为新闻史所罕见。
这些专栏文章1985年最早由香港南粤出版社结集出版为《京华感旧录》一书,由梁漱溟作序,溥杰题签,在香港发行,成为当时香港十大畅销书之一。
后华文出版社结集三次出版,书名为《神州轶闻录》,著名书法家启功题签,冰心、萧乾、季羡林、于若木、侯仁之、胡絜青各作序。后新星出版社、吉林出版集团等分别改版发行。台湾远足文化事业股份有限公司亦以《老滋味》为书名,在台湾出版发行。
因为这种只问耕耘、甘当无名英雄的编辑工匠精神,冯大彪在1993年获得了首届韬奋新闻奖提名奖。
其二:文武双全
冯大彪爱好武术、书法,是陈式太极拳传人,也是著名书法家,可谓文武双全。
他幼承家学,青年时又拜在老书家康伯藩先生门下耳提面命深造,期间又结识了启功、欧阳中石、董寿平等大家,对孙过庭《书谱》用力最深,临习几十年。
冯大彪在与这些前辈的交往中,像海绵吸水一样,多方面吸取营养,充实自己。世评其“将颜体之雄劲、赵体之潇酒、《书谱》之飘逸融为一炉,每令观者目眩心倾,旌荡神摇”。此言不虚。
尤其他的行草,结构谨严,间架俊美,形神兼具,风采飘扬,注重章法,充满书卷气。
当年“国家体育馆”公开征集书法题名,冯大彪在众多投稿中胜出,力透纸背的书法被镌刻在国家体育馆外墙上。
▲冯大彪与国家体育馆合影▲冯大彪所题“国家体育馆”,中新社 刘长海摄
据悉,在少林寺中的中华贤母园中,建有孝观碑林,冯大彪应邀为其书写36块碑,每块高4尺,宽1尺,内容都是中国古代孝子成材的贤母小传,如孔母、孟母、岳母等。
台湾同胞参观碑刻后,亲笔致函冯大彪:“一展先生之德高艺美,给人以享受与熏陶。”
文章播四海 翰墨誉京城
冯大彪逝世消息公布后,不少好友、同事表达了哀悼之情。
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